汉代时的巴人所据核心区武陵地区，是一个相当完整的自然地理单元，它东临湖广盆地，西濒四川盆地和汉中盆地，北沿汉江，南沿乌江、沅江，围成一座面积约20万平方公里的“以高山为群岛”区域。汉高帝的“职方”大臣有足够识别力，看透了这的自然地理，承认它的历史人文，精当地统一命名为“武陵”。巴人后裔因据此山川而被称为“武陵土人”，一再爆发对抗强大汉庭的战争，虽一再被残酷镇压，终未屈服。

东汉建武二十三年（公元47年），武陵郡土人“五溪蛮”酋长相单程起义，自为“渠帅”，据险抗击官军，于武溪（今泸溪和辰溪一带）全歼威武将军刘尚以下万余人。东汉建武二十四年（公元48年），再攻下临沅（今常德）。 东汉建武二十五年（公元49年），汉遣刚在越南取得大胜的名将伏波将军马援等，率兵四万余来攻讨，溯沅江而上。因滩险水急，舟不能前。又逢盛暑，士卒多病殁，被困在沅陵壶头山下。在不利的长期军事对峙中，马援为朝庭和政敌猜疑，最终郁郁死于热病，武陵土人助成其完成了生前“马革裹尸还”的愿望。监军宋均被迫改用招抚。相单程等因饥荒少粮，才被迫投降。东汉元嘉元年（公元151年），武陵土人詹山，率众四千余人起义，拘执县令，屯聚深山。汉遣窦应明往攻，不能胜。东汉永兴元年（公元153年），太守应奉往招抚詹山，义军这才散降。

三国时期，“五溪蛮”起义，吴奋威将军刘阳侯潘浚奉命统诸军往讨。兵至沅水中游，筑垒酉口侧，斩万余人，五溪遂平。

西晋建兴三年（公元315年），杜稻遣将王贡，联合五溪的苗、瑶族以舟师截断官军水道粮运，被荆州刺史陶侃击败；后因部将王贡叛变，杜稻被陶侃再次击败身死。

三国时，诸葛亮专门从巴人地区征召了一支古代的特种部队“三千连弩士”，长期驻扎在汉中，那连弩，也不是被神化了的诸葛丞相发明的，而是巴人氏族部落的致命武器。巴人连弩士成了诸葛亮大军的王牌威师，射杀曹魏名将张郃就是他们干的绝活。弩奇士的神话因此流传了很多年。

到宋代，当蜀境一些少数民族起兵反叛，而官军屡战不胜时，朝廷首先就想起“歌舞以凌、殷人大溃”的巴人，将他们冠以“忠义胜军”的称号招募来，果然一战平定蜀乱。南宋政和年间，蜀中茂州发生叛乱，驻守成都的将帅周焘一筹莫展，大诗人苏东坡的侄儿苏元志去献策，说“只要招募巴人子弟去作战，不用多，只消几千人，就必胜无疑！”周焘采纳了这个建议。果然，很快反叛者就投降了。宋徽宗听说了这个消息非常高兴，下旨让巴人教授那些不会作战的官军们，叮嘱“直到教会为止！”

至明时，巴人后裔仍显示出骁勇善战的特性。明嘉靖年间，因官军的无能，应皇帝征召，湘鄂西各路土家土司率本部土家兵慷慨奔赴东南沿海，其中容美（今鹤峰）土司王田九霄与其年过八旬的老父田世爵出兵万余人，一举击败倭寇，明世宗亲自为诸土司颁赐“东南第一战功”匾额。这也是史上少见的对倭寇的爽快胜利。明末善骑射精诗词的巴渝女杰秦良玉，在20岁时以比武招亲的方式嫁给了汉伏波将军马援之后的石柱宣抚使马千乘，30多岁丧夫后承袭石柱宣抚使，后因军功升为总兵，是中国唯一正史登录、并正式列入国家将军编制的巾帼英雄。崇祯皇帝曾手赋诗四首赠赞秦良玉，并封诰命夫人、太子太保总镇关防，军功远胜传说中的从军木兰和杨门女将。从46岁起到55岁之龄，她曾万里请缨驰骋辽东、在北京三次勤王，抗击满清入关，战功卓著。她以石柱县（石柱在利川之西，两县搭界）的巴人后裔土家子弟兵，组成勇猛强悍的数千“白杆兵”，在辽东、宁远、山海关一带抵抗满清入侵，也曾任独挡一面镇守山海关的主将，与明末名将袁崇焕、卢象升打造的数万“关宁铁骑”一时齐名。

天启元年（1621年）白杆兵和酉阳土司配合明军，渡浑河与清兵血战。是役虽因寡不敌众，秦良玉的大哥邦屏阵亡，未能取胜，但却在极艰苦的条件下杀敌数千，重创清兵，被除数誉为“辽左用兵来第一血战”。当时的兵部尚书张鹤鸣曾经评说此战：“浑河血战，首功数千，实石砫、酉阳二土司功。”

崇桢二年（1629年）十二月，清兵绕道喜峰口，攻陷遵化，直抵北京城下。次年又向东攻占永平、滦州、迁安三城，形势极为险峻。崇桢皇帝匆忙下诏征调天下兵马勤王，并谕大臣们拿出自己的钱来充作军饷，还将北京文武百官的马匹充作军需。秦良玉闻讯，火速“出家财济饷”，两次率白杆兵兼程北上。当时各地先后赶来的十余万官军，均屯驻在蓟门近畿一带，互相观望，畏缩不前。独秦良玉所部率先奋勇出击，在友军配合下，奋力收复永平、遵化等四城，解除了清兵对北京的威胁。

在张献忠建立大西朝屠川和满清铁骑入关时，她以68岁高龄一直带着“白杆兵”以石柱为基地守持家乡，独立抵抗着强大的外敌，直到她75岁去世时，她力所能及的势力范围，免遭荼毒于纵横巴蜀大地的大西军和满清铁骑之手。

再晚有鸦片战争时期（道光年间），年过七旬的清三江协副将陈连升与其子陈举鹏（恩施鹤峰县邬阳关人）率600余官兵追随民族英雄林则徐、关天培，守虎门沙角炮台誓死抗英，1841年1月7日父子一同以身殉国。

至清中“改土归流”汉族人大量迁入后，“土家”开始成为族的称谓出现。为区别于后迁入混居的汉人，土家族人开始自称为“比兹卡”，意思是“本地人”，强调他们原住民的主人身份。

三峡地区历史上先后出现过6次大规模移民潮，最早可追溯到夏末商初。《山海经》载：“（夏）耕……乃降于巫山。”这是指中原地区的夏耕部族，在与其他部落的战争失败后，从千里迢迢的中原来到巫山即今天的三峡地区。而此前最近的移民潮是历史上两次著名的“湖广填四川”。到近年三峡工程迁建、蓄水，原来居住在秭归、巴东、巫山、奉节、云阳、万县、涪陵等巴人核心区的居民100多万人，因为环境容量的问题，大部分被外迁，分散到全国20多个省市自治区。似乎是上天注定了巴人及其后裔们万年漂泊的命运。

今天土家人常在巴人祖山武落钟离山举行祭拜活动。近年在长阳武落钟离山以东的清江河谷台地上，出土了一万多件巴文物，使得刘向在《世本》中的有关巴人祖居地的记载，得到了客观的佐证，这里是巴人的核心区。缺乏文字记载的峡江巴人历史，正随着实证考古的深入而逐渐显露。

近年三峡工程移民迁建，发掘出大量的巴人遗址与器物，其中造型独特的柳叶巴剑数量很多，这是巴人勇猛尚武与男子人人带剑的部族习俗体现。在三峡博物馆“远古巴渝”展厅，陈列着一柄令全球专家关注的青铜剑。2002年9月，这把剑出土于涪陵小田溪，重庆市考古队在地下30米深处一个战国巴王墓葬里发现了它。它长不过70厘米，剑脊厚重，形似柳叶，其柔韧性居然可以大幅度弯曲而又自动复原，其锋利足以轻易破肉见血。当时在现场的重庆师大教授鲜于煌惊呼：“这可算是真正的中华第一剑了！”

考古还新发现巴人遗址和墓地百余处，巴文化以从商周到战国的完整序列呈现在世人面前，将过去通过战国晚期墓葬所知的巴文化推进到春秋时代。巫山县双堰塘遗址、忠县哨棚嘴等遗址群、云阳县李家坝遗址、开县余家坝遗址，文化内涵丰富，表明这里曾为商至汉初时期巴人的中心活动地带。

从考古发现的材料来看，巴人在三峡地区各条长江支流上建立了相当多的聚居点，并留下众多的战士墓葬。巫山大宁河谷曾是巴人早期的活动中心地带，这一带也存在多处井盐文明遗存。云阳和开县的澎溪河一线已发掘出200多座巴族战士的墓，涪陵小田溪曾出土了中国第一套共14枚的战国编钟，印证了史书上关于巴人“先王陵墓多在枳”的说法。

最近陕西商洛地区考古专家在探寻商洛900多个人工开凿神秘洞窟起源时，又有了解读“巴人失踪之谜”的惊人发现。商洛山发现的系列神秘洞窟均面山临水，故进洞须越过湍急的河流。洞室呈长方形，四壁平整，人工开凿痕迹清晰。考古专家分析认为，这是巴人部族迁入秦岭大巴山地区避祸之所，这里，也许就是巴人某支的最后归宿。甚至有人提出了“不知有汉，无论魏晋”的“桃花源是否典出于此”的说法——学者宫玉海经研究大量古籍，认为陶渊明根据传说写的《桃花源记》，写的就是巴人“避秦”。

巴人消亡的核心秘密，正在因实证考古的发现，逐渐显露在世人面前。

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